個人戦ルール：
・ゲーム方式は、手持ちのサイバーロイド１体ずつで戦うシングルバトル、手持ち３体ずつで戦うダブルバトル、５体ずつで戦うチームバトルの三種類。
・プラグインカードはシングルバトルの場合３枚、ダブルバトルは５枚、チームバトルは１０枚を１デッキとする。
規定枚数以下であれば定められた枚数でなくてもかまわない。
また、同じプラグインカードを２枚以上デッキに入れる事はできない。
・サイバーロイドはキューブモードにし、ＡＣＤのポケットにセットしておく。
シングルバトルの場合はサポートキューブを一つ選んでサポートポケットにセットしておくこと。
プラグインカードは相手に見えないように手に持っておく。
・以上の準備ができたらバトルスタートとなる。
まずはお互いサイバーロイドを一体選択しフィールドにシュートする（シングルバトルの場合はセットされたサイバーロイドをシュートする）。
最初の一体はシュートと同時にエクストラクション・モードとなり全てのスタンバイが完了する（２体目以降はシュートするとレギュラー・モードでスタンバイする）。
・バトルが始まったら交互にコマンドを行う。
自分のターンにできるコマンドは以下の通り。
１．スタンバイされているサイバーロイドを解凍（エクストラクション）する。
２．新たなサイバーロイドをシュートする（ただしダブルバトルの場合は２体、チームバトルの場合は３体までしかシュートする事はできない）。
３．プラグインカードを使う。
４．サイバーロイドのアビリティを使う。
５．エクストラクションしたサイバーロイドでバトルする。
６．自分のサイバーロイドをフィールド・アウト（回収）する。
・エクストラクションについて：
解凍（エクストラクション）とは、シュートしたサイバーロイドを本来の姿であるエクストラクションモードにデータ解凍する事である。
サイバーロイドは通常解凍（エクストラクション）する事で初めてバトルできるようになる。
なお、そのターン内でシュートしたサイバーロイドを解凍（エクストラクション）する事はできない（シュートしてから１ターン以上経過しないと解凍（エクストラクション）はできない。
１ターンに２体以上、または一度に２体以上解凍（エクストラクション）してもかまわない。
・シュートについて：
ポケットにキューブが残っていれば、フィールドにシュートする事ができる。
ただし、ダブルバトルは２体、チームバトルは３体までしかシュートする事はできない。
また、１ターンにシュートできるキューブは１つまで。２つ以上シュートしてはならない。
・プラグインカードについて：
プラグインカードとは、サイバーロイドやフィールドに何らかの効果を与えるサポートポログラムがセットされたカードである。
プラグインカードにはスタンバイフェイズに発動できる物、バトル中に発動できる物、カウンターとして使用する物等がある。
発動する際は使用を宣言した上でＡＣＤのスロットにカードを挿入し、プラグインをシュートして効果を発動させる。
効果はシュートされたポイントに発動するので、サイバーロイドに効果を発動するタイプなら効果対象のサイバーロイドに、フィールド系のプラグインならフィールドにシュートする必要がある。
なお、カードに記述がない限り、１ターンに発動できるプラグインは１枚までとする（カウンター系・トラップ系プラグインはこの限りではない）。
ターンさえ違えば一度使用したプラグインを再度使用する事も可能。
・アビリティについて：
サイバーロイドの中には特殊なアビリティを持つ物もいる。
ターン内に発動条件を満たせば、アビリティを発動させる事ができる。
アビリティは条件さえ満たしていれば一度に複数のアビリティを発動させる事も可能。
また、アビリティによっては相手ターン中に発動可能なものも存在する。
・バトルについて：
お互いにフィールドに解凍（エクストラクション）されたサイバーロイドがいれば、バトルを行う事ができる。
バトル開始前にまずＡＰ（攻撃力）とＤＰ（防御力）の補正を行う。
補正は大きく分けてフィールド効果と、バトルするサイバーロイド同士の属性干渉の二つ。
フィールド効果はフィールドが属性補正効果のある物にチェンジしている場合、対応する属性なら補正がされる。
補正値はそのフィールドを展開しているプラグイン、またはアビリティの効果に準ずる。
属性干渉は、炎と水など属性間に相性が存在する場合に発生する。
具体的には相性の良い方（例の場合は水属性）のＡＰ（１０％）・ＤＰ（２０％）が補正される。
バトルは仕掛けた方から順に交互に攻撃を行う（仕掛けられた側はパスしてもＯＫ）。
防御側は防御か回避を選択する事ができる。回避した場合成功すればダメージを０にできるが、失敗するとＤＰ−５０％補正で攻撃を受けてしまう。
回避成功率は属性の相性やＳＰ（機動力）、ＷＰ（容量、普通の生物でいう重さ）等で決まる。
攻撃が命中したら、全ての補正値計算後の攻撃側ＡＰ−守備側ＤＰの値が守備側のＨＰ（ライフＰ）からマイナスされる。
守備側ＤＰの値の方が高い場合は０Ｐとなる。
なお、バトルは原則的に１対１で行い、１ターンに１回しかバトル宣言する事はできない。
・フィールド・アウトについて：
バトルや効果等でＨＰが０になったサイバーロイドはブレイク・ダウン（戦闘不能）となり、強制的にキューブ・モードとなってフィールド・アウト（回収）される。
また、ＨＰが０になっていなくても望むならフィールド・アウトさせてもよい（ただしフィールドに自分のサイバーロイドが１体しかいない場合はフィールド・アウトできない）。
ＨＰが残っていれば、１度フィールド・アウトしたサイバーロイドをもう一度シュートする事もできる（ただし、フィールド・アウトしたターン内に再シュートする事はできない）。
・フィールドにディストラクションしているサイバーロイドがいない場合、必ず１体以上ディストラクションさせてからターンを終了させなくてはならない。
ただし、ディストラクション可能なサイバーロイドがいない場合はそのままターン・エンドを宣言してかまわない。
・プログラムフュージョン：
フィールドにプログラムフュージョン可能なサイバーロイドが揃っていれば、プログラムフュージョンを宣言できる。
プログラムフュージョンを宣言すると、１体のサイバーロイドにもう１体のサイバーロイドを一時融合させる事ができる。
ただし、２体のサイバーロイドの間で属性の干渉が起こらない事が絶対条件。
プログラムフュージョンすると基本の属性に融合したサイバーロイドの属性が付加され、ＨＰ以外の能力値も補正される。
効果はそのサイバーロイドがフィールド・アウト（回収）されるか、解除を宣言、または各ターンごとに１ずつ減少するＦＰ（フュージョン・ポイント）が０になると解除される（ＦＰは融合サイバーロイドによって異なる）。
プログラムフュージョンは１ターンに１回しか宣言できず、フュージョンしたサイバーロイドはそのターン中はバトルする事はできない。
また、一度フュージョンしたサイバーロイドは一度フィールド・アウトするまでフュージョンできなくなる。
ちなみにプログラムフュージョンの重ねがけ（フュージョンさせたサイバーロイドにさらに別のサイバーロイドをフュージョンさせる行為）は禁止。
シングルバトルの場合はサポートポケットのサイバーロイドをフュージョン指せる事ができるが、ゲーム中に１度しか使えない。
・必殺技：
バトル時、攻撃側は必殺技の使用を宣言できる。
必殺技は各サイバーロイドごとに設定されていて、各サイバーロイドごとに１度ずつ使う事ができる。
必殺技の使用を宣言した場合、守備側は回避しか選択する事ができず、命中すれば属性干渉やＡＰ・ＤＰを無視して即座に相手サイバーロイドのＨＰを０にできる。
回避率は属性干渉やＳＰ・ＷＰに関係なく６０％を基準に双方の残りＨＰや個体能力値などの補正を加えて算出される。
なお、回避された場合次の守備時（後攻めの場合は次にバトルをした時の守備時）に回避選択不可＋ＤＰ−３０％補正となる。
・勝敗：
以下の場合をもってゲームの勝敗を決定する。
どちらかのサイバーロイドが全てブレイクダウンした場合（シングルバトルの場合はどちらかのサイバーロイドがブレイクダウンした場合）。
ダブルバトル・チームバトルで、どちらかがフィールドにサイバーロイドが一体もおらず、すぐにシュートできるサイバーロイドもない状態になった場合。
どちらかがタップ・アウト（降参）した場合。
ゲーム中に違反行為があった場合。
・判定：
公式試合では時間（１Ｒ１０分）制限が設けられていて、時間内に決着がつかなかった場合は判定となる。
判定は手持ちサイバーロイドの残りＨＰのパーセンテージで決まる。
例えばタッグバトルで残りＨＰ/最大ＨＰがそれぞれ、３００/４５０・３３０/５００・０/４００の場合パーセンテージは４６．６７％となる。
パーセンテージは百分の一の位まで算出され、それで勝敗がつかない場合は残ったサイバーロイドを使って１体１の延長戦を行う。
延長戦の判定でも決着がつかなかった場合はじゃんけんで勝敗を決める。
・タップアウト：
勝敗がついていない状態でも、これ以上の続行が不可能と判断した場合、タップ・アウト（降参）を宣言する事ができる。
タップ・アウトはフィールド上の自分のサイバーロイドを全てフィールドアウトさせることで宣言するものとする。
タッグ戦ルール：
・基本ルールは個人戦に準ずるが、いくつか個人戦とは異なる部分がある。
・手持ちサイバーロイドはシングルバトルで１人１体、チームバトルで１人３体までとする。
・
・コマンドは各チームごとに一人ずつ、交互に行う。
例えばＡ・ＢVSＣ・ＤならＡ→Ｃ→Ｂ→Ｄ→Ａ……となる。
・チームバトルでフィールドにシュートできるサイバーロイドは最大３体ずつまで。
ただし、１人で３体のサイバーロイドをシュートする事はできない。
・自分のサイバーロイドを対象とするプラグインカードは味方のサイバーロイドに使う事もできる。
・味方のサイバーロイドに対して攻撃する事ができない（ただしコンフューズ（混乱）状態の時を除く）。
・味方のサイバーロイドとプログラムフュージョンしてもかまわない。
その場合二人同時にプログラムフュージョンを宣言し、現在ターンの回っているプレイヤーのサイバーロイドを基本体とする。
例えばＡとＢのタッグで、Ａのターン中にフュージョンする場合は、ＡのサイバーロイドにＢのサイバーロイドが一時融合する形になる。
この形で融合した場合、融合後のサイバーロイドは双方のプレイヤーがコントロールする事ができる。
もちろん一人でプログラムフュージョンてもかまわない（その場合は個人戦のルールに準ずること）。
・手持ちのサイバーロイドが全てブレイクしたら、そのプレイヤーはゲーム・アウト（戦線離脱）となる。
先に二人ともゲーム・アウトしたらそのチームの負けとなる。
・タップアウトは二人同時に宣言しないと認められない。
・判定は二人のパーセンテージの平均値で決定される。
同点の場合は４人の中で１番パーセンテージの高いプレイヤーのチームが勝ちとなる。
それでも決着がつかなかった場合は代表者を一人ずつ出し、シングルバトルで延長戦を行う。
団体戦ルール：
・基本ルールは個人戦に準ずるが、いくつか個人戦とは異なる部分がある。
・手持ちサイバーロイドは１人１体、プラグインカード１人２枚までとする。
また、ゲーム開始前にチームのメンバーからチームリーダーを一人決めておくこと。
・コマンドの順番はタッグ戦と同じ要領で行う。
・フィールドにシュートできるサイバーロイドは最大３体ずつまで。
１チーム４人以上でバトルする場合は、最初に３人がシュートを行い、残りの二人はベンチ待機となる。
そしてチームメイトのサイバーロイドがブレイク、またはフィールド・アウトしたら交代する事ができる。
・自分のサイバーロイドを対象とするプラグインカードは味方のサイバーロイドに使う事もできる。
・味方のサイバーロイドに対して攻撃する事ができない（ただしコンフューズ（混乱）状態の時を除く）。
・プログラムフュージョンは常に味方のサイバーロイドと行う。
その場合二人同時にプログラムフュージョンを宣言し、現在ターンの回っているプレイヤーのサイバーロイドを基本体とする。
例えばＡとＢのタッグで、Ａのターン中にフュージョンする場合は、ＡのサイバーロイドにＢのサイバーロイドが一時融合する形になる。
この形で融合した場合、融合後のサイバーロイドは融合前の２体のサイバーロイドのプレイヤーがコントロールする事ができる。
なお、プログラムフュージョンで融合させてサイバーロイドの数を２体にしても、ベンチのプレイヤーを参加させる事はできない。
＜事実上フィールドに３体のサイバーロイドが存在している事になるため
・手持ちのサイバーロイドがブレイクしたら、そのプレイヤーはゲーム・アウト（戦線離脱）となる。
先に全員ゲーム・アウトしたらそのチームの負けとなる。
・タップアウトは全員同時に宣言しないと認められない。
・判定はまずゲーム・アウトしたプレイヤーの数で勝敗を決定する。
それで決着がつかなかった場合は、残ったサイバーロイドのパーセンテージの平均値で決定される。
同点の場合は前プレイヤーの中で１番パーセンテージの高いプレイヤーのチームが勝ちとなる。
それでも決着がつかなかった場合はチームリーダー同士のシングルバトルで延長戦を行う。
なお、どちらかのチームリーダーがゲーム・アウトしている場合は、その時点でチームリーダーがゲーム・アウトしている方の敗北となる。
どちらともゲーム・アウトしている場合は、残ったメンバーの中からリーダー代行を選出し、その２人で延長戦を行う。